Mielőtt a CART megnyerésével 1999-ben berobbant a köztudatba, 2001-ben pedig a Forma–1-ben is letette a névjegyét (újoncévében több rajtelsőséget és egy futamgyőzelmet is szerzett a Ferrari-dominancia kellős közepén), Montoya a Formula-3000-ben bontogatta szárnyait.
Az akkoriban a mai F2 szintjén álló versenysorozatban Helmut Marko csapatával, az RSM-mel debütált, ahol 1997-ben három futamgyőzelmével és három rajtelsőségével ezüstérmet szerzett. A bajnoki címről mindössze másfél ponttal maradt le. 1998-ban visszavágott: akkor ő lett a bajnok, de már nem az RSM pilótájaként.
Marko most egy, a GrandPrix247-nek adott nyilatkozatban emlékezett vissza a Montoyával közös időszakra és mondott őszinte véleményt a kolumbiairól, aki a mai napig elképesztően gyorsnak tart, de úgy érzi, elpazarolta tehetségét az F1-ben, ahol sosem jutott fel a csúcsra és 2006-ban dicstelenül, év közben távozott a McLarentől. Vissza sosem tért és évekig többnyire Amerikában versenyzett.
„Juan Pablo eljött hozzánk Grazba, és az első dolog, amit megkérdezett az volt, hogy a négy McDonald’s közül melyik a legjobb. Szóval… egészségtelenül táplálkozott és egy lusta barom volt” – mondott kemény ítéletet Marko.
„De hihetetlenül gyors volt. Viszont rengeteg ostoba hibát vétett. Az első futamunkon rögtön vezette a mezőnyt Silverstone-ban, de aztán balesetet szenvedett. Hasonló, mint a fia, Sebastián. Csak a fia többnyire nem az élen ütközik, hanem valahol a legjobb tízben. Szóval, nehéz dolgunk volt vele. Sokszor nem is beszéltünk” – ismerte el.
Montoya később ismét kapcsolatba került a Red Bull-lal, hiszen fia évekig a bikások juniorprogramjának volt a tagja. Marko az előző évekkel és a jelennel kapcsolatban megjegyezte, már nemcsak, hogy szóba állnak, hanem barátokká is váltak.
„Most már jó cimborák vagyunk” – emelte ki, majd ismét tett egy megjegyzést azzal kapcsolatban, hogy a kolumbiai versenyző aktív pilótakorában elszórta a jó lehetőségeket, legalábbis a Forma–1-ben mindenképpen. „Juan Pablo elpazarolta a tehetségét. Többszörös világbajnok is lehetett volna a Forma–1-ben” – véli.