A Forma–1 mindenható ura, Bernie Ecclestone ajánlotta őt a Ferrari elnöke, Luca di Montezemolo figyelmébe. Amikor 1993-ban szezon közben megérkezett, még aligha gondolhatta bárki is, hogy az istálló történetének első nem-olasz csapatfőnöke egyben a legsikeresebbé is fog válni a következő években. Jean Todt volt az első alappillére a Ferrari Michael Schumacher nevével fémjelzett híres sikercsapatának, amely az F1 legrégebbi márkájának legszebb korszakát hozta össze az 1999 és 2004 között zsinórban szerzett hat konstruktőri és öt egyéni világbajnoki címmel. Todt aztán még megfejelt Kimi Räikkönen és a csapat 2007-es újabb koronázásával.
Beszédes, hogy amióta Todt elhagyta Maranellót, a Ferrari nem szerzett újabb egyéni bajnoki címet, és a konstruktőrök között is csak egyszer, a rá következő évben lett első.
Todt 2009-ben az FIA elnöke lett, ahonnan 2021-ben köszönt le, mivel a szabályok értelmében több turnusra már nem választhatták újra. Később hírbe hozták volt csapatával, mondván, amolyan „szupertanácsadóként” térhet vissza, ám ezen találgatások végül megalapozatlannak bizonyultak. Mint azt a La Repubblica című olasz lapnak Todt elárulta, a Ferrari a leköszönése óta egyáltalán nem is kereste őt, ami miatt fáj is a szíve.
„A távozásom óta beszéltem pár csapattaggal, de amióta leköszöntem az FIA elnökeként, nem állunk kapcsolatban. Meg kell mondjam, nagyon furcsállom ezt, ha arra gondolok, milyen sok időmet áldoztam erre a hihetetlen cégre, és milyen sok sikert értünk el együtt”
– mondta keserűen a francia, aki a mai napig aktív, és nagy elánnal folytatja az FIA-elnökként megkezdett kampányát a közutak biztonságáért.

Todt az interjúban felidézte, milyen állapotok uralkodtak a Ferrarinál az érkezésekor, és honnan jutottak olyan magasra. „Amikor 1993-ban megérkeztem, a hely romokban hevert. A tervezőiroda Angliában volt, egy régi, kihasználatlan szélcsatorna állt a gyárban. Aztán lépésről lépésre igazi kincset hoztunk össze. Egyedül semmire sem jutottam volna. Én abban voltam jó, hogy éveken át formáltam és egyben tudtam tartani a csapatot, amivel álomcsapattá váltunk. Tizennégy bajnoki címet nyertünk, ami bekerült a történelemkönyvekbe. Ez volt a Ferrari történetének legsikeresebb időszaka” – tekintett vissza büszkén Todt.
Miközben volt csapatával megszakadt a kapcsolatuk, volt versenyzőjével, Michael Schumacherrel nagyon is szoros maradt. A német 2013-as síbalesete után is. Todt az interjúban megerősítette, hogy a mai napig „rendszeresen és nagy kedvvel” látogatja barátját. „A mi kapcsolatunk túlnyúlt a közös munkán. Ő része az életemnek, ma is, távol a Forma–1-től.”
Ami az F1-et illeti, a korábbi FIA-elnök szerint a jelenlegi mezőnynek Max Verstappen a legjobb tagja, a saját kedvenc versenyzője viszont a fia, Nicolas által menedzselt, és emiatt általa is jól ismert Charles Leclerc. Szerinte a monacói előnyére fordíthatja, hogy az idei évtől Lewis Hamilton a csapattársa a Ferrarinál, és ugyanúgy az F1-en belüli megítélésének javítására használhatja ezt, ahogy a britet tavaly legyőző George Russell tette a Mercedesnél.