A szerb trénert 2013 őszén nevezték ki az Újpest vezetőedzőjének. a lila-fehéreket 258 mérkőzésen vezette, kétszer nyert Magyar Kupát, egyszer Szuperkupát, valamint egy bajnoki bronzérmet is szerzett a gárdával. Az Újpesttől 2020 nyarán távozott, s legutóbb a lett Liepeját irányította, mellyel az előző szezont bajnoki bronzéremmel zárta és kupadöntőbe vezette a gárdát. Két hete nevezték ki a Honvédnál Horváth Ferenc utódjának, elmondása szerint hiányzott neki a magyar foci.
„Amikor megérkeztem Budapestre és bekerültem a magyar labdarúgásba, azonnal beleszerettem ebbe a közegbe – mondta Vignjevic az M4 Sporton látható Aranyoroszlánok című műsorban. – Nemcsak azért, mert megnyertük az első meccsünket, hanem remek volt a hangulat. Éreztem, hogy itt megmutathatom magam és elérhetek valami komolyat. Itt az emberek elismerik a munkádat, ha jól végzed a dolgod. Fejlődni akartam és megmutatni, hogy mire vagyok képes.”
Az 53 éves edző hozzátette, az elmúlt másfél évben furcsa volt kívülről látni és követni a magyar labdarúgást. „Ez az én bajnokságom, amit a magaménak érzek, ezért természetesen követtem a történéseket is.”
Vignjevic úgy véli, hogy a Budapest Honvéd játékosállományában több pontenciál rejlik a tabellán elfolglalt nyolcadik helyezésnél, érkezése után pedig az volt a legfontosabb feladata Kispesten, hogy a játékosokból „előcsalja a harcost”. A Honvédból olyan csapatot szeretne, amelyik nemcsak nyer, de mindezt szép játékkal teszi. „Agresszívnak kell lennünk és olyan csapatnak, amelyik dominálja a játékot, a nagyobb csapatok ellen is. Sokat gyakorlunk, de a legfontosabb, hogy a játékosok elhiggyék, hogy nem létezik lehetetlen. Először is azt szeretném, hogy a csapatomnak legyen karaktere, így a jövőben mindenki lássa majd a pályán, hogy a Honvéd milyen stílusban játszik, milyen játékot képvisel és hogyan nyeri meg a mérkőzéseit.”
Az interjúban érdekességként megemlítette, hogy a Magyar Kupa negyeddöntőjében a Ferencvárossal fog összecsapni a Honvéd edzőjeként, akárcsak az első újpesti idényében, amikor szintén a Fradival találkozott a negyeddöntőben, abban a szezonban a lila-fehérek megnyerték a sorozatot.